A actual legislação portuguesa remete para as entidades licenciadoras de obras a responsabilidade de se certificar que os trabalhos por si autorizados que envolvam transformações do subsolo respeitam as leis de salvaguarda do património arqueológico. É neste contexto que se desenvolve um dos campos de acção do Gabinete de Arqueologia Urbana da autarquia, ou seja, com base na informação recolhida ao longo dos vários anos de trabalhos na cidade, os pedidos de licenciamento de obras no Centro Histórico são avaliados pelo impacto negativo que poderão ter no eventual património arqueológico existente no local a intervir. Consoante o volume de remoção ou revolvimento de subsolo e a área da cidade onde se insere o projecto, o licenciamento da obra pode ser condicionado ao acompanhamento arqueológico dos trabalhos de revolvimento de terreno ou à realização de sondagens de diagnóstico prévias, quando é elevada a probabilidade da existência de património arqueológico que poderá ser destruído com os trabalhos de construção civil.

Este gabinete pode assegurar os acompanhamentos arqueológicos das obras particulares, caso os donos de obra manifestem esse interesse e exista disponibilidade humana para tal, assegurando ainda os trabalhos arqueológicos nas obras municipais. Quando se torna necessário entregar a execução de trabalhos de arqueologia ao exterior, a fiscalização é feita pelos técnicos de arqueologia da autarquia

Dos trabalhos realizados pela equipa da autarquia resulta um considerável volume de materiais que são tratados no laboratório de tratamento e inventário de espólio arqueológico e antropológico. Após a limpeza dos materiais é feita uma triagem das formas e fabricos com especial interesse científico e são marcados de forma a poder proceder posteriormente à sua inventariação informática. Também responsabilidade deste gabinete é a gestão dos materiais arqueológicos resultantes de trabalhos realizados no concelho por entidades exteriores à autarquia, integrando-os na Reserva de Arqueologia a qual faz parte da rede nacional de depósitos do ex-Instituto Português de Arqueologia, actual IGESPAR.